منابع روايي و تاريخي علت وفات آن حضرت را مسموميت دانسته اند، مسموميتي كه دستهاي حكومت امويان در آن دخيل بوده است.
از برخي روايات استفاده مي شود كه مسموميت امام باقر به وسيله زين آغشته به سم، صورت گرفته است، به گونه اي كه بدن آن گرامي از شدت تأثير سم بسرعت متورم گرديد و سبب شهادت آن حضرت شد.
در اين كه چه فرد يا افرادي در اين ماجراي خائنانه دست داشته اند، نقلهاي روايي و تاريخي از اشخاص مختلفي نام برده اند.
بعضي از منابع، شخص هشام بن عبد الملك را عامل شهادت آن حضرت دانسته اند.
بخشي ديگر، ابراهيم بن وليد را وسيله مسموميت معرفي كرده اند.
برخي از روايات نيز زيد بن حسن را كه از دير زمان كينه هاي عميق نسبت به امام باقر(ع) داشت، مجري اين توطئه به شمار آورده اند.
به طور مسلم وفات امام باقر(ع) در دوران خلافت هشام بن عبد الملك رخ داده است، زيرا خلافت هشام از سال 105 تا سال 125 هجري استمرار داشته، و آخرين سالي كه مورخان در وفات امام باقر(ع) نقل كرده اند 118 هجري مي باشد.

زندگي سياسي امام باقر ، ص 22،نويسنده: احمد ترابي